ഇതിനുപിന്നാലെയാണ് ക്ഷേത്ര ഭരണസമിതിയുമായി ട്രസ്റ്റിന് ബന്ധമില്ല, ക്ഷേത്രവും ട്രസ്റ്റും രണ്ടാണ്, ട്രസ്റ്റിന്റെ പ്രവര്ത്തനങ്ങള് പരിശോധിക്കാന് ഭരണസമിതിക്ക് അധികാരമില്ല തുടങ്ങിയ വിഷയങ്ങള് ചൂണ്ടിക്കാട്ടി പത്മനാഭസ്വാമി ക്ഷേത്രം ട്രസ്റ്റ് സുപ്രീംകോടതിയെ സമീപിച്ചത്.